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根管打完桩后仍然疼痛的原因可能有多种，主要包括以下几点：
1. 牙齿根尖断面与根管充填界面刺激：打桩后可能存在一些肿胀感，这与牙齿根尖断面与根管充填界面的刺激有关系，可能是组织反应，一般可以慢慢恢复。
2. 根管遗漏：牙齿根管系统复杂，某些牙位根管常有变异，若在根管治疗过程中有某个根管被遗漏，遗漏根管可能成为病灶，导致牙髓炎或根尖周炎，从而引发疼痛。此时需要重新进行二次根管治疗。
3. 牙髓组织残留：根管治疗时，若牙髓组织未摘除干净，残留的组织在机械损伤、药物刺激和炎症等因素的综合作用下会产生疼痛。这种情况通常需要进行二次根管治疗，以清除残留的牙髓组织。
4. 充填不当：根管填充过多或填充不足都可能导致局部炎症刺激，从而引起疼痛。建议患者重新进行填充，确保局部填充厚度适中。
5. 细菌感染：如果根管治疗过程中消毒不彻底，或治疗后口腔卫生不佳，可能导致细菌感染，进而引发牙髓炎或根尖周炎，导致疼痛。此时需要在医生指导下使用抗生素控制感染。
面对根管打完桩后的疼痛，建议及时就医，由医生检查确定疼痛原因，并制定相应的治疗方案。患者也应注意口腔卫生，避免感染。