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根管打完桩后仍然疼痛的原因可能有多种，主要包括以下几点：
1. 牙齿根尖断面与根管充填界面刺激：打桩后可能存在一些肿胀感，这是由于牙齿根尖断面与根管充填界面之间的刺激关系，可能是组织反应的一种表现，通常可以慢慢恢复。
2. 根管治疗不彻底：
牙髓组织残留：根管系统的解剖结构复杂，可能在治疗过程中未能将牙髓组织清理干净，残留的牙髓组织受到刺激后会诱发疼痛。
根管遗漏：牙齿根管系统存在变异，可能在治疗过程中遗漏了某个根管，导致牙髓炎或根尖周炎，从而引发疼痛。
充填物不当：充填物过多或不足都可能导致局部炎症刺激，从而引起疼痛。充填物过少时不能完整封闭根尖孔，易导致细菌滋生，进而导致疼痛。
3. 炎症感染：根管治疗过程中或治疗后可能产生炎症感染，服用消炎药物后炎症得到改善，疼痛感可能会消失。
面对这种情况，建议及时就医，由医生检查确定疼痛的具体原因，并据此制定治疗方案。可能的治疗措施包括二次根管治疗以清理残留的牙髓组织或重新进行充填，以及服用消炎和止痛药物等。