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混凝土垫层在施工单位编制归档文件计划时，通常应划分在地基与基础分部。具体分析如下：
从地基与基础分部工程的角度来看，地基与基础分部工程主要包括钢筋混凝土扩展基础、阀形基础、箱形基础等各种基础工程。在这些基础工程中，垫层作为基础的重要组成部分，起着调整基础承载力、扩散荷载以及改善土体物理力学性能等至关重要的作用。在地下防水环节中，垫层也位于防水层之下，起到隔离水汽、防止渗漏的作用。将垫层纳入地基与基础分部工程是合理的。
虽然主体结构分部工程中也涉及混凝土结构等，但垫层通常不被视为主体结构的一部分，而是作为基础工程的一部分存在。尤其是在考虑到垫层在基础工程中的功能和作用时，将其归类于地基与基础分部更为恰当。
混凝土垫层在施工单位编制归档文件计划时，应划分在地基与基础分部。这一归类既符合垫层在基础工程中的实际功能和作用，也符合建筑工程领域的常规做法。